Hệ tư tưởng các của Quân kháng chiến của Chúa là đang là đề tài gây tranh cãi giữa các học giả[22] mặc dù LRA cơ bản được xem là một lực lượng quân sự Christian[7][8][9][10][11][12][13]. Mặc dù LRA đã được coi chủ yếu là một lực lượng dân quân Thiên chúa giáo[7][8][9][10][11][12][13], đội quân này đôi khi là chủ nghĩa dân tộc Acholi,[23] nhưng sự chân thành của hành vi này và lòng trung thành của Kony hệ tư tưởng hoặc được coi là cực kỳ mơ hồ bởi nhiều nhà quan sát.[24][25][26][27][28]

Robert Gersony, trong một báo cáo được tài trợ bởi Đại sứ quán Hoa Kỳ tại Kampala vào năm 1997, kết luận rằng "LRA đã không có chương trình chính trị hoặc hệ tư tưởng, ít nhất là không có người dân địa phương đã nghe hoặc có thể hiểu"[29]. Nhóm Khủng hoảng Quốc tế nói rằng "LRA không được thúc đẩy bởi bất kỳ chương trình nghị sự chính trị nào và chiến lược quân sự và chiến thuật của nó phản ánh điều này".[30]

IRIN bình luận rằng "LRA vẫn là một trong các phong trào nổi dậy ít được người ta hiểu nhất trên thế giới, và hệ tư tưởng của nó, nếu như tổ chức này có, khó để hiểu". Trung tá Shaban Bantariza của UPDFđã nói rằng "bạn không thể xác định rõ họ có muốn quyền lực chính trị hay không. Mục đích duy nhất của lực lượng này là khủng bố và đối xử với dân hung bạo và cướp nhà của họ".